克复襄汉后，岳飞面临的是新恢复的中原地区的后勤防务问题，这是以后直到金哀宗时金国被灭中原被克复后都一直困扰宋军的问题。这些地方因为“久罹兵火”，原来的居民“或被驱虏，或遭杀戮，甚为荒残”，以至于“百里绝人，荆榛塞路，虎狼交迹”，“野无耕农，市无贩商，城郭隳废，邑屋荡尽，而粮饷难于运漕”。凡是这样克复失地的宋军，都有一个两难的防务问题：“若少留将兵，恐复为贼有”；“若多留将兵，唯俟朝廷千里馈粮，徒成自困，终莫能守”。

因为后勤的问题，岳飞只能将主力撤回，留少量兵力戍守。张旦被任命为唐州邓州郢州襄阳府安抚使、兼襄阳知府，牛皋为安抚副使，李道任唐州邓州郢州襄阳府四州都统制，配置军士2000人，守卫襄阳府；周识和李旦率150名军士守郢州；孙翚和蒋廷俊率200名军士守随州；舒继明和訾谐守信阳军；戍守襄阳府的2000人中分拨出来一部分，由高青和单藻带领守唐州，由张应、党尚友和邵俅带领守邓州。这些官员在收复的防区内整治防务，恢复生产。伪齐刘豫李成的军队虽然不时骚扰，却始终不能夺回襄汉六郡的控制权。

襄汉六郡原来分属京西南路和京西北路，这次收复之后，宋廷为统一管理，单设襄阳府路。除在襄阳府设安抚使司外，不按制度设置“差监司”、即转运使司等文人监军系统，“止委制置使岳飞措置”。这是战时对宋朝历来的文人控制武将军队的反动，对提高军队的战斗力有一定的影响。

此时岳飞作为武将不敢居功，上奏说自己“人微望轻，难任斯职”，要辞去制置使并请求宋廷另“委任重臣，经画荆、襄”。宰相赵鼎认为：“湖北鄂、岳，最为沿江上流控扼要害之所，乞令(岳)飞鄂、岳州屯驻。不惟淮西藉其声援，可保无虞，而湖南、二广、江、浙亦获安妥。”宋高宗同意赵鼎的主张，确定岳飞改驻荆湖北路的首府鄂州（今湖北武昌），自此岳家军的大本营就定在了鄂州。